Problem gelöst!
Es war JSpeed (Vollversion) welches offenbar das Problem verursacht hat. Sehr seltsam, denn dieses läuft schon lange und ich habe an der Config seit Monaten nichts geändert!
Vermutlich hat halt doch das letzte Joomla Update etwas an dem Setup zerschossen. Seltsam war nur, dass es ja lief nach dem Update. 
Ich danke nochmals vielmals für die schnelle Hilfe und die wertvollen Inputs! Werde dann morgen nochmals genauer hinsehen.
LG und einen schönen Abend.
Dani