Löschen Sie doch erst einmal alle Caches.
Joomla, Astroid und natürlich den Browser Cache.

Außerdem werden Padding Abstände in den Layouteinstellungen der Section konfiguriert und nicht mittels CSS Code in der custom.

Cache leeren an allen drei Stellen wurde schon durchgeführt. Leider keine Veränderung. 

In den Padding Einstellungen in der Section Ankündigungen und Modulpostition content bottom steht kein Wert rechts und links. Zudem werden sämtliche Änderungen von der Startseite ignoriert. 

Geben Sie uns mal einen Zugang.
Was soll denn jetzt wie geändert werden.
Schriftfarbe, Abstände... ich blicke da langsam nicht mehr durch.

Machen Sie das bitte zusammenfassend transparent.

Die gesamte Seite inklusive Menü müsste links und rechts den weißen Hintergrund ausfüllen (siehe beide Pfeile im ersten Screenshot). Und die Buttons waren alle orange statt blau. Wenn ich wieder zurück auf 3.1.12 und älter gehe, dann sieht man den ursprünglichen Zustand. Wohin kann ich meine Zugänge zusenden? Durch eine private Nachricht?

Ja, private Nachricht sehen nur die Admins.
Erstellen Sie vorher ein Backup Ihrer Seite.